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伽利略的活动引起了历史上臭名昭著的宗教裁判所的注意，于是在1616年宗教裁判所把伽利略传到罗马进行审讯，宣布伽利略的《天体运行论》为禁书，迫使伽利略声明放弃哥白尼学说，使伽利略受到了深重的打击。
热爱科学、追求科学真理的伽利略并没就此止步不前，就在对彗星又进行了新的观测和研究之后，他采取了一种更加隐蔽的方式。1632年在佛罗伦萨出版了伽利略写的《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》(简称为《对话》)，书中只有三个人，分别代表伽利略、托勒密和哥白尼，他们在4天的时间里以对话的形式讨论了哥白尼的日心说和托勒密的地心说。由于写作方式非常巧妙、隐蔽，这本书竟然通过了罗马教会的审查，得以正式出版发行，这不能不说是伽利略在斗争策略上取得的一次胜利。
在《对话》这本书里，伽利略用大量的科学事实论证了日心说的合理性，批驳了地心说的荒谬性。这本书形式新颖独特，语言生动活泼，是科学史上的一部杰作，因此受到了人们的热烈欢迎。当教会的神学家对这本书的真正意图搞清之后，他们便更加恼羞成怒。1632年8月，罗马宗教裁判所宣布禁止出售《对话》，教皇命令组成一个专门委员会对伽利略进行审查，让体弱多病的伽利略立即到罗马接受宗教裁判所的审讯。在严酷的审讯和刑法的折磨下，风烛残年的伽利略被迫违心地在法庭上当众表示忏悔，并在判决书上签字，就在签字之际，伽利略曾喃喃地说：“不管怎样，地球依然在转动。”伽利略最后被判终身监禁。即使在这样恶劣的条件下，仍然没有熄灭燃烧在伽利略心中的那一簇科学圣火。由于朋友的帮助，他又陆续发表了一些著作和论文，其中最重要的是1638年出版的《关于两门新科学的讨论和数学证明》一书。1642年1月8日，伽利略的生命之火熄灭在他的终身监禁地。
然而，真理是挡不住的，伽利略对自然科学的贡献为世人所公认，他追求真理的精神也为后人所仰慕，300多年后的1979年，罗马教皇出面为伽利略沉冤昭雪，标志着科学的伟大胜利。
在当时看来，伽利略微弱的呼声被狂热的宗教所吞没，但是真理不在于人数的多寡。
……刚回答完一个。
哥白尼死后60年。
通常认为完整的日心说宇宙模型是由波兰天文学家哥白尼在1543年发表的《天体运行论》中提出的.
。即使在那个时候，哥白尼的发现还不断受到教会、大学等机构与天文学家的蔑视和嘲笑。终于，在60年后，约翰·开普勒和伽利略·伽利雷证明了哥白尼是正确的。
1882年，罗马教皇不得不承认哥白尼的学说是正确的
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